Der Turm verfügt über vier Kampfmodi. In jedem Modus müssen Trainer auf acht Etagen besiegt werden. Wenn man dies in einer vorgegebenen Zeit schafft, erhält man auf dem Dach ein seltenes Item als Preis. Man erhält jeden Preis nur einmal pro Modus, unabhängig davon, wie gut die Zeit ist. Allerdings sind die Items auch außerhalb des Trainerturms je einmal erhaltbar.
Einzel: Auf acht Etagen warten acht Trainer, die jeweils über zwei Pokémon verfügen. Preis: Up-Grade
Doppel: Auf acht Etagen warten acht Trainer-Paare, die jeweils über zwei Pokémon verfügen. Preis: Drachenhaut
K.O.: Auf acht Etagen warten jeweils drei Trainer, die jeweils über ein Pokémon verfügen. Preis: Metallmantel
Gemischt: Auf acht Etagen werden die anderen drei Modi durcheinander aufgebaut. Preis: King-Stein
Das Level der gegnerischen Pokémon entspricht dem des stärksten Pokémon im eigenen Team und man erhält weder EP noch Geld. Es ist möglich, seine Pokémon in einem Pokémon-Center am Eingang zu heilen, dies nimmt allerdings zusätzlich Zeit in Anspruch.
In der japanischen Version hat der Trainerturm standardmäßig nur vier Stockwerke. Diese können jedoch mit dem Nintendo e-Reader auf acht erhöht werden. So können neue Trainer hinzugefügt oder die Preise modifiziert werden.
Im Pocket Monsters SPECIAL-Manga ist der Trainerturm eine Basis des wieder auferstandenen Team Rocket, sodass Boss Giovanni dort beim ersten Auftritt des Turms in Abenteuer 280 residiert. Der Turm und all seine Mechanismen werden vom Hauptcomputer R kontrolliert, der von Remus geschaffen wurde. R ist mit Projektoren, verschiedenen Waffen und einem Hemmungsmechanismus ausgestattet, der gegen nahezu jede Art von Attacke immun ist.
Nachdem Giovanni den Turm verlassen hat, um Deoxys zu fangen, werden Grüns Eltern und Professor Eich, die von Team Rocket entführt wurden, alleine bei R zurückgelassen. Der Computer hat jedoch eine Auswahl an Fallen, um Rot, Blau und Grün aufzuhalten, die in Abenteuer 284 den Turm zur Rettung der Entführten erreichen. Auf dem Dach des Turmes können sie so von Illusionen der Gefangenen abgelenkt und durch Greifarme gefangen genommen werden. Mewtu, das den Kindern hilft, kann sie jedoch befreien und gemeinsam wagen sie sich ins Innere vor.
Dort trifft die Gruppe direkt auf den Hauptcomputer, der mit seinen Waffen die Jugendlichen angreift. Mewtu kann sie jedoch solange schützen, bis Blaus Porygon2 in Abenteuer 285 das System des Computers infiltrieren und ausschalten kann. Dadurch können Grüns Eltern und der Professor befreit werden.
Jedoch erscheint kurz darauf wieder Giovanni, der Deoxys mittlerweile gefangen hat und einige Klone dieses Pokémon auf die Trainer hetzt. Während sie kämpfen wird Mewtu durch die hemmende Rüstung des Computers geschwächt und kann nicht weiter angreifen. R konnte sich nämlich wieder hochfahren und sich vor Porygon2 schützen, wobei Giovanni erwähnt, dass der Computer wie sein Erschaffer Remus eine unhöfliche, plumpe und arrogante Persönlichkeit besitzt.
Nachdem Giovanni wieder gegangen ist, gelingt es Rot, Blau und Grün in Abenteuer 287 mit ihren drei SpezialattackenFauna-Statue, Lohekanonade und Aquahaubitze zusammen die Rüstung zu zerstören und Mewtu zu befreien. Das Legendäre Pokémon kann schließlich beim Kampf gegen die Klone von Deoxys helfen und sie besiegen, wobei auch der Trainerturm mit dem Löffel von Mewtu in zwei geteilt wird.
Einige Zeit später in Abenteuer 294 kommt ans Licht, dass Kiwame, die ebenfalls beim Trainerturm gewesen ist, um Team Rocket zu bekämpfen, dort eine Alte Karte sowie ein antikes Manuskript über Jirachi gestohlen hat.
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Bibor ♂ Lv. 100
Yanma ♂ Lv. 100
Togepi ♀ Lv. 100
Relaxo ♂ Lv. 100
Simsala ♀ Lv. 100
Hundemon ♂ Lv. 100
Geowaz ♀ Lv. 100
Machomei ♂ Lv. 100
Ursaring ♂ Lv. 100
Wiesenior ♀ Lv. 100
Lanturn ♀ Lv. 100
Dragonir ♀ Lv. 100
Magby ♂ Lv. 100
Glurak ♂ Lv. 100
Flamara ♂ Lv. 100
Quappo ♀ Lv. 100
Miltank ♀ Lv. 100
Giflor ♀ Lv. 100
Lapras ♀ Lv. 100
Chaneira ♀ Lv. 100
Nidoran♀ ♀ Lv. 100
Nidorina ♀ Lv. 100
Nidoqueen ♀ Lv. 100
Ampharos ♀ Lv. 100
Granbull ♀ Lv. 100
Goldini ♂ Lv. 100
Baldorfish ♂ Lv. 100
Mantax ♀ Lv. 100
Starmie Lv. 100
Arkani ♂ Lv. 100
Bisaflor ♂ Lv. 100
Seedraking ♂ Lv. 100
Corasonn ♀ Lv. 100
Kingler ♂ Lv. 100
Ledian ♀ Lv. 100
Garados ♂ Lv. 100
Despotar ♂ Lv. 100
Kicklee ♂ Lv. 100
Nockchan ♂ Lv. 100
