Aufgrund von starken Stürmen und Meeresströmungen, die von Forschern des Teams künstlich erzeugt wurden und die Insel nun umgeben, kann man sie nur mit dem Robo-Kyogre von Abakus erreichen. Nachdem man gegen zahlreiche Cryptoknechte gekämpft hat, trifft man hier ein zweites Mal auf die Crypto VorsitzendenLuzilla, Sif und Olaf. Auch gegen die restlichen Vorstände Luzius und Rufus muss man nun erstmals antreten. Wenn man die große Kuppel über dem Vulkan der Insel erreicht, trifft man dort Großmeister Phrenos, den Anführer des Team Crypto, und sein Crypto-Lugia, das als XD001 das stärkste der Crypto-Pokémon darstellen soll. Nachdem man Phrenos besiegt hat, beendet er die Machenschaften des Team Crypto und die Hauptstory des Spiels ist somit beendet. Trotzdem kann man später erneut hierher zurückkehren und so oft man möchte gegen Phrenos und sein Team antreten.