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Der See des Zorns ist ein großer See im Norden von Johto. Er befindet sich nördlich von Mahagonia City. Im Spiel kann man hier ein Rotes Garados fangen, es ist somit der erste Ort, an dem der Spieler im regulären Handlungsverlauf auf ein schillerndes Pokémon trifft. Hier begegnet der Spieler Siegfried zum ersten Mal, der ihm beim Bekämpfen von Team Rocket in der Geheimbasis unter dem Shop in Mahagonia City hilft.
Es gibt in Pokémon HeartGold und SoulSilver zwei Wasserstände, die vom Wetter abhängig sind. An allen Tagen außer mittwochs regnet es in diesem Bereich, vorausgesetzt, der Spieler besitzt den Phantomorden und kann die VM03, also Surfer, benutzen und Garados herausfordern. Wenn es regnet, ist der Wasserpegel hoch, wenn es nicht regnet, ist nur ein kleiner See zu sehen und man erhält Zugang zu einem kleinen Labyrinth. Man gelangt nur, wenn es regnet, zu dem Haus hinter dem See. Verschiedene Trainer kann man hingegen erst dann herausfordern, wenn es trocken ist.
Der See des Zorns ist einer der wenigen Orte, die keine Städte sind und kein Pokémon-Center aufweisen, die der Spieler aber dennoch mit Fliegen erreichen kann.
In der Mitte des Sees schwimmt ein rotes Garados und sorgt für Unruhe, da es beispielsweise kleinere Boote angreift.
Es ist extrem gereizt, woran die Radiowellen, die Team Rocket aus ihrem Versteck in Mahagonia City sendet, Schuld sind.
Durch diese ist es spontan mutiert, weshalb Team Rocket es wegen seiner Rarität in Besitz bringen will.
Siegfried, der Champ der Pokémon Liga, hat sich auf den Weg gemacht, diesem Pokémon zu helfen, wobei er auf den Helden trifft und ihn um Hilfe bittet. Später gibt er einem auch die VM06 bzw. VM05, Whirlpool. Im Anime besitzt Siegfried das rote Garados. Im Manga dagegen, besitzt Silber das rote Garados.
Gold und Silber erreichen den See des Zorns in VS. Das rote Garados, nachdem Silber den Auftrag bekommen hatte, sich dorthin zu begeben. Der See ist die Heimat einer Horde von Karpador, die durch spezielle Radiowellen jedoch zur Entwicklung gezwungen werden. Während die Besucher des Sees die Flucht ergreifen, kämpfen Gold und Silber gegen die Garados und locken auch das Rote Garados heraus, das als Transmitter für die Wellen dient. Silber fängt das Garados schließlich, sodass sich die Lage am See beruhigt.
In VS. Botogel (Teil 1) erscheint jedoch der Mann mit der Maske und friert den See ein. Gold und Silber, die beide bereits mit dem Mann zu tun hatten, beginnen sofort einen weiteren Kampf gegen ihn. Doch der Maskierte kann sie trennen und Silber besiegen. Als Gold kurz daraufhin sieht, wie sein Rivale im See versinkt, wird auch er besiegt, indem ein herabfallenden Eisblock ihn trifft.
Major Bob erreicht in VS. Raichu den See des Zorns, da er die Vorfälle rund um Team Rocket untersucht. Nachdem er einen Abstecher nach Mahagonia City gemacht hat, kehrt er zurück, um sich den Grund des Sees mittels seines U-Boots anzusehen. Er findet schließlich das Rote Garados, eingesperrt in einem Block aus Eis. Doch das Pokémon befreit sich in VS. Dodri und greift Bob scheinbar an, richtet sich jedoch in Wahrheit gegen einen weiteren Eisblock. Da es es jedoch nicht schafft, den Block zu zerstören, hilft Major Bob und findet letztlich die Sachen von Gold und Silber.
Von einem Mädchen nördlich des Sees wird außerdem ein vermutlich zweites andersfarbiges Pokémon erwähnt. Sie sagt, sie habe ein rosa Smettbo gesehen. Allerdings wird man im Verlauf des Spiels auf keines (zumindest nicht storybedingt) treffen. Dies könnte auch eine Anspielung auf den Anime sein, wo Ashs Smettbo sich in ein rosafarbenes verliebt und wegzieht.
Schaltet man am See des Zorns, auf Route 43 oder in Mahagonia City auf dem PokéCom das Radio ein, hört man in der 2. Generation auf der Frequenz 20,5 ein unangenehmes Signal, welches als „?????“ betitelt ist bzw. in der vierten Generation auf dem gesamten Feld ein als „Störsignal“ betiteltes Signal. Hierbei handelt es sich vermutlich um das Signal, mit dem Team Rocket die Entwicklung der Karpador erzwungen hat und es verschwindet nach dem Sieg des Spielers im Rocket-Versteck.