Als Protagonisten bezeichnet man die Spielfigur, mit der man in den Spielen das Abenteuer bestreitet, ein Pokémon-Champ zu werden. Auch wenn der Name in den Spielen frei wählbar ist, gibt es für sie geläufige Namen, die in Verbindung mit dem Namen der jeweiligen Edition, in der sie auftreten, stehen. Dabei erhält man am Anfang von jedem Spiel ein Starter-Pokémon von dem dortigen Professor, mit dem man seine Reise bzw. seine Trainerkarriere beginnt. Jedoch haben sie immer einen starken Rivalen an ihrer Seite, der immer danach strebt, besser zu sein als diese.
In der Spielereihe Pokémon Mystery Dungeon ist der Protagonist ein Pokémon und wird durch Beantworten von Fragen ausgewählt. Die Wahl, ob man weiblich oder männlich sein möchte, beeinflusst die Auswahl an Pokémon, die man sein kann. Folgende Pokémon stehen zur Auswahl:
