In Pokémon Saphir, Smaragd und Alpha Saphir befindet sich Team Aquas Versteck in Seegrasulb City. Da man in Pokémon Rubin nicht gegen Team Aqua, sondern gegen Team Magma kämpft, ist hier Team Magmas Versteck, welches sich allerdings kaum von der Aqua-Version, jedoch extrem von dem Versteck am Schlotberg in Smaragd, unterscheidet. Auffällig sind die Teleportfelder, die einem den Weg erschweren, allerdings ist die Belohnung dafür umso größer. Hier kann man nämlich den Meisterball finden. Tut man dies in Pokémon Saphir jedoch nicht sofort, sondern fängt/besiegt Kyogre, wird das Versteck versiegelt und der Meisterball kann nicht mehr erhalten werden. In Pokémon Smaragd wurde dieses Feature entfernt, sodass man den Ball zu einem beliebigen Zeitpunkt abholen kann.
Team Aquas Versteck sieht man erstmals kurz in VS. Lombrero, als Adrian von dort aus mit Kordula, Wolfgang und Morton kommuniziert und ihnen befiehlt, die Devon-Waren zu stehlen. Dabei erkennt man, dass das Versteck eine Art Büro für Adrian besitzt, in dem sein Schreibtisch steht und in dem in der Wand ein riesiges Aquarium eingelassen ist, wo einige Wasser-Pokémon schwimmen. Außerdem befördert Adrian in diesem Raum die oben genannten Rüpel nach ihrer erfolgreichen Mission in VS. Krebutack (Teil 1) zu Vorständen.
Ein weiteres Mal erscheint das Versteck des Team Aqua in VS. Welsar, als Adrian die Information bekommt, dass große Teile von Graphitport City, Faustauhaven und Wurzelheim durch die große Flut unter Wasser stehen. In diesem Moment kommen Marc und sein Team mit dem Tiefsee-Forschungsboot 1 im Versteck ihres momentanen Bündnispartners an, um gemeinsam zur Tiefseehöhle zu reisen.
In VS. Kyogre und Groudon (Teil 14) erreichen Wibke, Flavia und Walter das verlassene Versteck von Team Aqua, da sie den immer noch entführten Professor Kosmo dort vermuten. In einer Kammer finden sie ihn schließlich und können ihn zum Luftschiff des Pokémon-Verbands bringen, wo auch Flavia und Walter bleiben, während Wibke nach Xeneroville weiter fliegt.
Nach der Niederlage von Team Aqua und Team Magma kehrt Morton zum Versteck zurück und trifft dort während Episode 5 auf Nathan. Die beiden entscheiden sich, sich zusammen zu tun, da Nathan mit dem Scanner den Aufenthaltsort des Roten und Blauen Edelsteins bestimmen kann. Morton glaubt, bei den Edelsteinen könnte auch sein Boss zu finden sein, während Nathan mit ihnen die Protomorphose auslösen möchte.
Durch das Versiegeln der Höhle sind Pokémon Rubin und Saphir die einzigen Editionen, in denen man den Meisterball nur eine bestimmte Zeit lang erhalten kann.