Wird der Rote Edelstein von Groudon getragen, führt dieses eine Protomorphose durch. Dies geschieht immer zu Beginn des Kampfes und lässt sich nur verhindern indem man dem Pokémon das Item nicht zum Tragen gibt.
In der Episode Drei Teams zu viel! wird bekannt, dass Harlan von Team Magma und Isabel von Team Aqua die Blaue Kugel, hier genannt Indigo Kugel, und die Rote Kugel, hier Rosa Kugel genannt, jeweils in ihrem Besitz haben.
In Macht über Groudon und Alte Legenden leben auf! gelingt es Adrian, dem Anführer von Team Aqua, mit der Roten Kugel, die mit seinem Körper verschmilzt, Kyogre zu kontrollieren. Schließlich verlässt die Rote Kugel wieder seinen Körper, während Kyogre und Groudon kämpfen, wodurch er seine Erinnerung an das Geschehene, während er besessen war, verliert. Als die Legendären Pokémon sich wieder beruhigt haben, fliegen beide Kugeln in den Himmel.
Als Rubin und Saphir mit Adrian und Marc kämpfen, versuchen sie ihnen die Kugeln zu entreißen, bis diese jedoch während VS. Kyogre & Groudon (Teil 10) mit den Körpern der Anführer von Team Aqua und Team Magma verschmelzen und so nicht mehr von ihnen getrennt werden können. Durch die Fusion der Männer mit den Kugeln erscheinen auch die Muster von Kyogre und Groudon auf ihren Körpern, was ausdrückt, dass sie nicht länger selbst die Kontrolle haben. Gemeinsam mit Rubin und Saphir begeben sich Marc und Adrian schließlich nach Xeneroville, wo die Legendären Pokémon gegeneinander kämpfen. Dort erkennen Rubin und Saphir auch, mit den Fragmenten des Meteoriten, die sie bei sich tragen, den Einfluss der Kugeln stoppen zu können. Tatsächlich gelingt es ihnen, die Kugeln wieder von den Männern zu trennen, wodurch aber auch sie selbst ohnmächtig werden.
Als sie erwachen, befinden sie sich auf der Wundereiland, wo sie gemeinsam mit Ben, Svenja und Juan trainieren, um sich für den finalen Kampf vorzubereiten. Dabei findet Rubin heraus, dass die Kugeln einen Menschen kontrollieren müssen, um ihre Kraft maximieren zu können und deshalb mit dem Nutzer verschmelzen. Auch erkennt er während VS. Spoink (Teil 2), dass die Rote und Blaue Kugel nun in ihm und Saphir stecken. Juan erklärt ihm, dass sie die Kugeln und ihre Kraft kontrollieren lernen müssen und selbst übernommen werden, wenn ihr Geist nicht stark genug ist. Nach dem Training kehren Rubin und Saphir nach Xeneroville zurück und können die Kugeln wieder von ihren Körpern trennen. Sie versuchen, den Kampf der Legenden zu unterbrechen, haben aber keinen Erfolg, bis Norman mit Rayquaza erscheint. Rubin kann mit ihm und den Kugeln den Kampf schließlich beenden und die Pokémon zurück in ihren Schlaf versetzen. Daraufhin erscheinen aber wieder Marc und Adrian, die erneut die Kugeln stehlen, um einen weiteren Kampf zu beginnen, diesmal jedoch vorher aufgehalten werden können. Rubin holt nun sein letztes Pokémon Celebi in den Kampf und zerstört die Kugeln, um den Konflikt endgültig zu beenden.
Nach dem Ende der Auseinandersetzung findet Giovanni während Der finale Kampf (Teil 8) Bruchstücke der Kugeln, den Rubin und Saphir, und nimmt sie mit nach Kanto. Dabei wird er von Nathan beobachtet, der die Stücke daraufhin lange Zeit mit seinem Scanner verfolgt.
Während des Omega Rubin und Alpha Saphir Arcs erklärt Bill, dass sich der Rubin und der Saphir über die Zeit nach Team Rockets Niederlage wieder zu ihren vorherigen Formen zurückentwickelt hätten, jedoch werden die Rote und Blaue Kugel fortan Roter und Blauer Edelstein genannt.
