Die Unterwasser-Gebiete der RegionenHoenn und Einall befinden sich unter dem Meeresspiegel und sind von der Wasseroberfläche aus an der dunkleren Blaufärbung erkennbar. Sie können mit Hilfe der Terrain-AttackeTaucher erkundet werden. Hier sind einige seltene Items und in Hoenn auch manche wilde Pokémon zu finden. Die Stadt Xeneroville kann beim ersten Besuch nur über eine Unterwasser-Route erreicht werden, in Einall wird Taucher benötigt, um die Unterwasserruine erforschen zu können.
Durch die Wasserrouten von Hoenn erstrecken sich unter dem Wasser viele Vertiefungen. Sie können mithilfe der Versteckten MaschineTaucher erreicht werden, die man als Preis von Troy nach dem Sieg über das Arenaleiter-DuoBen und Svenja in Moosbach City erhält. Im Seegras am Meeresboden lassen sich unter anderem die Pokémon Perlu, Lampi und Relicanth finden, zudem gibt es im Unterwasser seltene Items wie das Gelbstück, das Grünstück, das Indigostück oder das Purpurstück zu entdecken, deren versteckte Fundorte manchmal durch weiße Steine angezeigt werden.
Einige Orte wie die Stadt Xeneroville, die Tiefseehöhle und die Siegelkammer sind nur durch einen Weg unter dem Meer zu erreichen. An den heller gefärbten Stellen lässt sich der Tauchgang beenden.
In Einall ist die vor der Bucht von Ondula versunkene Unterwasserruine nur mit Taucher erreichbar. Bei der Erforschung dieses Unterwassergebietes lassen sich insbesondere ein Großteil der Tafeln sowie alte Gegenstände wie Münzen und Statuen finden, jedoch im Unterschied zu den Unterwasserrouten in Hoenn keine wilden Pokémon.