Der Film startet mit einer turbulenten Verfolgungsjagd durch einen dichten Wald. Dabei wird ein Celebi von einem Hundemon sowie einem Sichlor verfolgt. Zeitgleich kommt ein Junge in die Nähe des Waldes. Der Junge wird von einer Frau angehalten und darüber informiert, dass er im Wald aufpassen sollte. Hier hört man gelegentlich merkwürdige Schreie... auch "Stimme des Waldes" genannt. Diese stammen von einem seltenen Pokémon, welches durch die Zeit reisen kann. Wenn man hier nicht aufpasst, kann es sein, dass man mit dem Pokémon durch die Zeit geschickt wird. Die Frau empfiehlt dem Jungen deshalb einfach still stehen zu bleiben, falls er eine solche Stimme hören sollte.
Wie es das Schicksal so will, begegnet der Junge aber nur kurz darauf genau diesem seltenen Pokémon namens Celebi, welches immer noch auf der Flucht vor einem Hundemon und Sichlor eines Pokémon-Jägers ist. Als der Junge das Celebi umzingelt von den beiden anderen Pokémon sieht, versucht er einzugreifen und lenkt die Aufmerksamkeit auf sich. Dies verschafft dem Celebi die Möglichkeit in Richtung des Jungen zu fliegen.
Doch nun taucht auch der Pokémon Jäger auf und fordert seine Beute zurück. Der Junge weigert sich und flüchtet mit dem Celebi tiefer in den Wald hinein. Zwar verfolgt der Pokémon-Jäger die beiden, doch Celebi führt eine Zeitreise durch und kann so mit dem Jungen flüchten...
40 Jahre später ist der Pokémon-Jäger ein alter Mann und bekommt Besuch von einem jüngeren Pokémon-Jäger. Dieser hat erfahren, dass sein Kollege einmal fast ein Celebi fangen konnte und will nun wissen wo genau dieser Ort war. Zuerst weigert sich der alte Jäger seine Informationen zu verraten, doch als der junge Jäger seinen dunklen Ball (Dark Ball) präsentiert und zeigt, wie man damit jedes Pokémon nicht nur fangen, sondern auch auf das höchste Level bringen kann, bleibt dem alten Jäger keine Wahl. Er verrät alles, was er über Celebi weiß. Der dunkle Ball hat übrigens eine Nebenwirkung - er macht das Pokémon böse...
Misty und Rocko warten am Hafen einer Stadt auf Ash. Dieser ist jedoch mitten in einem Pokémon-Kampf gegen einen Trainer mit einem Tyracroc. Da die Fähre unserer Freunde gleich losfährt, schickt Rocko sein Iksbat los um Ash Bescheid zu sagen, dass es nun wirklich allerhöchste Zeit ist zum Hafen zu kommen.
Als das Iksbat Ash erreicht, hat er mit Pikachu gerade das Tyracroc und seinen Trainer besiegt. Er kann nun also zur Fähre eilen und erreicht den Hafen in letzter Sekunde. Als ihm jedoch ein Kofferwagen in den Weg kommt, droht er die Fähre doch noch zu verpassen. Ein riskanter Sprung vom Steg ins Schiff und der rettende Arm eines anderen Passagiers sorgen dafür, dass Ash die Fähre doch noch trocken erreicht und mit seinen Freunden weiterfahren kann.
Auf der Fähre kommt man mit dem anderen Passagier in ein informatives Gespräch. Es wird aber noch interessanter als alle am Ufer ein bisher unbekanntes Pokémon sehen. Wie man etwas später per Telefon von Professor Eich erfährt, war dieses Pokémon ein Suicune! Sogar Professor Eich hat schon einmal ein Suicune getroffen...
Motiviert durch die aktuellen Ereignisse machen sich unsere Freunde mit dem neu kennengelernten Freund von der Fähre auf den Weg Flussaufwärts und auf die Suche nach neuen Pokémon oder Suicune. Natürlich sind sie dabei nicht alleine... per Pedalen-Segelflugzeug werden sie von Team Rocket - oder besser gesagt - Jessie, James und Mauzi verfolgt. Da Jessie jedoch mal wieder zu faul ist, stürzt das Pedalen-Segelflugzeug nach einiger Zeit ab...
Unsere Freunde erreichen unterdessen mit ihrem in ein Luftschiff verwandelten Boot einen hochinteressanten Ort, mitten im Wald. Die Baumhausstadt vor ihnen heißt Arborville.
Von hier aus gehen Ash, Misty und Rocko ein Stück weiter zu Fuß, bis sie den Ort erreichen, wo in der Einleitung des Filmes der Junge (Sam) von der Frau gewarnt wurde. Auch unsere Freunde werden hier von einer alten Dame angesprochen, sowie ihrer jüngeren Tochter. Rocko hat nur noch Augen für die Tochter und so erfahren wir, dass das Mädchen Diane heißt. Die alte Dame wiederholt ihre Warnung, dass man - wenn man die Stimme des Waldes hört - stehenbleiben soll. Doch Ash will lieber den Wald erforschen und stürmt voran...
Im Wald selbst dauert es nicht lange, bis unsere Freunde ein merkwürdiges Geräusch vernehmen. An die Warnung der alten Dame denkt keiner und so rennen alle in Richtung des Geräusches statt stehen zu bleiben. Doch dies war eine denkbar gute Entscheidung, da sie so einen Schrein im Wald finden und vor ihm am Boden den Jungen Sam. Er und Celebi sind völlig erschöpft nach der Zeitreise, doch Celebi kann es zumindest noch schaffen sich hinter dem Schrein zu verstecken, so dass niemand es sieht.
Unsere Freunde bringen den bewusstlosen Jungen zu Diane und ihrer Großmutter, damit er dort gepflegt werden kann. Zur Überraschung aller Anwesenden erkennt die alte Dame den Jungen jedoch sofort wieder. Es ist der Junge, der vor 40 Jahren im Wald verschwunden war. Die alte Dame freut sich sehr, da sie Sam nun auch endlich sein verlorenes Notizbuch zurückgeben kann.
Der Junge erinnert sich nun auch an das Celebi und fragt was aus ihm geworden ist. Als alle sagen, dass sie es nicht sahen, will Sam unbedingt nachsehen ob es Celebi gut geht. Die alte Dame vermutet, dass Celebi sich zum "See des Lebens" zurückgezogen hat, wo es sich normalerweise aufhält. Klar, dass unsere Freunde Sam begleiten.
Es dauert nicht lange und Ash sowie Sam finden das erschöpfte Celebi in einer kleinen Höhle auf einem Hügel. Nachdem Celebi erkannt hat, dass Sam und Ash ihm nichts Böses anhaben wollen, lässt es sich von Sam tragen. Alle unsere Freunde beschließen auch direkt zurück zu Diana und ihrer Großmutter zu gehen, damit das Celebi gepflegt werden kann.
Auf dem Weg zurück gibt es jedoch ein Wiedersehen mit Team Rocket. Dieses ist schnell erledigt, doch unmittelbar danach taucht der junge Pokémon-Jäger auf, der auf seinem Rücken ebenfalls das Team Rocket-Zeichen trägt. Er verlangt von seinem vierbeinigen Roboter aus das Celebi. Natürlich ist keiner unserer Freunde bereit ihm seinen Wunsch zu erfüllen. So schickt der Team Rocket Jäger sein dunkles Despotar auf unsere Freunde los und greift sie mit einem Hyperstrahl an. Als sich auch versehentlich Jessie und James einmischen, gibt es eine kleine Plauderei zwischen den Rocket-Mitgliedern und wir erfahren, dass der Rocket-Jäger als Iron Mask Marauder bekannt und berüchtigt ist. Der Rocket-Jäger schickt kurz darauf ein dunkles Sniebel und ein dunkles Scherox los um unsere Freunde zu verfolgen...
Unsere Freunde sind unterdessen noch auf Flucht als Misty sich einen Knöchel verstaucht. Während sich alle um Misty kümmern, tauchen Sniebel und Scherox auf und greifen an. Ash stellt sich ihnen in den Weg. Sam übergibt das erschöpfte Celebi an Rocko und greift mit seinem Glutexo (aus einem alten Pokéball mit Schraubverschluss) an der Seite von Ash und Lorblatt in den Kampf ein. Dank der guten Teamwork ist es für Ash und Sam kein großes Problem die beiden Pokémon des Rocket-Jägers auszuschalten und ihre Flucht fortzusetzen.
Nach einiger Zeit zieht ein Nebel auf. Als dann auch noch Ursaring und Teddiursa auftauchen, gehen unsere Freunde schon in Verteidigungsposition... Doch die beiden wollen nichts böses, sondern führen unsere Freude durch den Wald. Ein Damhirplex und Wiesenior lösen sie nach einiger Zeit ab und übernehmen jeweils die Führung des Teams.
Irgendwann erreichen alle einen großen See. Vermutlich ist dies der See des Lebens. Sam geht mit Celebi in das Wasser und Celebi taucht unter den Blicken unzähliger Pokémon ab. Wenige Augenblicke später heilen die Kräfte des Wassers das erschöpfte Celebi bis es wieder glücklich und von Kräften erfüllt herumfliegen kann. Celebi hat sogar wieder so viel Kraft, dass es Ash und Sam einen Freiflug spendieren und Mistys Knie heilen kann. Bis zum Abend haben alle zusammen viel Spaß und entdecken neue Bereiche des Waldes mit leckeren Beeren und anderen angenehmen Überraschungen.
Am Abend bemerkt Ash, dass Sam nicht schläft, sondern immer noch etwas in sein Skizzenbuch malt. Ein Bild der nebeneinander schlafenden Pikachu und Celebi. Bei einer kleinen Plauderei stellt sich heraus, dass Sam ziemlich traurig ist. Er vermisst seine Mutter und seine Zeit. Die Zukunft ist zwar schön, doch natürlich hat er alle seine Freunde und seine gewohnte Welt hinter sich gelassen. Ash versucht ihn zu trösten, doch ändern kann das natürlich keiner der beiden. Als beide (und Celebi sowie Pikachu) kurz darauf etwas hören und dann die Entwicklung zahlreicher Safcon zu Smettbo erleben können, finden alle jedoch eine wunderschöne Ablenkung.
Am nächsten Morgen gehen alle zusammen zurück zum Dorf. Doch direkt hinter dem Waldschrein erwartet unsere Freunde ein böses Wiedersehen mit dem Rocket-Jäger, seinem vierbeinigen Roboter sowie Jessie, James und Mauzi...
Während der Rocket-Jäger einen Baum auf unsere Freunde fallen lässt, kann er sich mit einem Greifarm Celebi schnappen und es innerhalb des Greifarmes gefangen halten und schwächen. Anschließend wirft er Celebi in die Luft und fängt es mit einem dunklen Ball! Einige wilde Taubsis versuchen dies zu verhindern und auch Ash eilt auf den Roboter um Celebi zu befreien, doch der Rocket-Jäger ist zu stark. Als dann unzählige Wald-Pokémon auftauchen und den Rocket-Jäger bedrängen, lacht dieser nur hämisch und lässt Celebi aus dem dunklen Ball frei um dann den Befehl zum Angriff zu erteilen. Celebi greift daraufhin die Wald-Pokémon an und startet mit der Verwüstung des Waldes, den es früher so sehr beschützte... Als der Rocket-Jäger noch mehr von der Macht Celebis sehen will, startet Celebi eine Transformation und bildet um sich herum eine Art Kugel aus den Bestandteilen des Waldes.
In weiter Ferne reagieren Diana und ihre Großmutter auf die Ereignisse und eilen in den Wald um nach dem Rechten zu sehen. Dabei helfen sie unseren Freunden. Doch auch Suicune sind die Veränderungen im Wald aufgefallen und eilt nun in Richtung Wald um nach dem Rechten zu schauen. Dabei finden sie unsere Freunde und nehmen sie mit in ihr Luftschiff. Doch, das, was sie sehen ist nicht wirklich schön... Celebi zerstört in der neuen Form große Teile des Waldes, während der Rocket-Jäger schon von seiner Macht schwärmt und davon, wie er der neue Boss von Team Rocket wird...
Als unsere Freunde über der neuen Form des dunklen Celebi fliegen, lässt der Rocket-Jäger sie angreifen. Natürlich hat das Luftschiff unserer Freunde keine Chance gegen das mächtige Celebi und stürzt direkt in den See des Lebens. Doch auch dort, wo das Luftschiff wieder ein normales Boot ist, wird es weiter angegriffen bis das Boot zerstört und alle am Ufer des Sees gestrandet sind.
Natürlich kämpfen unsere Freunde weiter, doch der Rocket-Jäger ist mit dem dunklen Celebi nicht zu besiegen. Gerade als das dunkle Celebi zum finalen Schlag gegen Ash und Sam ausholt, kommt Suicune und rettet sie aus der Schusslinie. Der Rocket-Jäger lässt sich dies nicht gefallen und sieht hierin sogar die Chance noch ein legendäres Pokémon zu fangen. So schickt er sein dunkles Despotar raus um Suicune zu bekämpfen. Rocko sieht dies und will unseren Freunden Zeit verschaffen. Er schickt deshalb sein Onix heraus um gegen Despotar anzutreten...
Es tobt ein schwerer Kampf zwischen Onix und dem dunklen Despotar. Inzwischen entdecken unsere Freunde das Celebi innerhalb der neuen, großen Form. Die Untersuchung muss jedoch pausieren, als Onix unter Druck gerät. Gemeinsam mit Suicune kann das dunkle Despotar jedoch besiegt werden. Doch nun schickt der Rocket-Jäger das dunkle Celebi auf unsere Freunde los...
Doch gegen das mächtige dunkle Celebi scheint selbst Suicune nicht antreten zu können. So wird Suicune nach seinem ersten Angriffsversuch direkt per Rankenhieb gepackt und dann mit dunklen Stromstößen angegriffen aus denen es nicht fliehen kann. Ash und Sam fallen dabei von Suicunes Rücken herunter und landen nahe Celebi. Als sie Celebi innerhalb seiner größeren, dunklen Gestalt ansprechen, reagiert es kurz, doch der Rocket-Jäger hat es immer noch unter Kontrolle. Deshalb klettern Ash und Sam näher an Celebi heran um ihm, gemeinsam mit den inzwischen überall eingetroffenen Wald-Pokémon ringsherum, ins Gewissen zu reden.
Ash und Sam müssen lange auf Celebi einreden und es an die tollen Erlebnisse der letzten Tage erinnern, bis es endlich genug Kraft gewinnt um den dunklen Ball des Rocket-Jägers zu zerstören. Als der Rocket-Jäger keine Kontrolle über Celebi mehr hat, wird Celebi wieder normal und ihre äußere dunkle Hülle zerfällt im See. Ash und Sam fliegen mit Celebis Kraft sicher an das Ufer des Sees, während der Rocket-Jäger ins Wasser stürzt. Doch am Ufer passiert noch etwas... Celebi scheint zu erbleichen und zu verdorren und fällt schlapp in Ohnmacht.
Ash versucht Celebi in das Wasser des Sees des Lebens zu tauchen, doch der See hat seine Kraft verloren. Zum Glück kann Suicune den See wieder reinigen! Allerdings klappt es auch beim nächsten Versuch nicht. Die Trauer ist groß und alle unsere Freunde brechen in Tränen aus, während Suicune einen Abschieds-Heuler vollzieht.
Doch da wird der Himmel über dem See erleuchtet und mehrere Celebi teleportieren sich aus einer anderen Zeit hierher um das kranke Celebi zu heilen. Nach einer wunderschönen Zeremonie fühlt sich das Celebi auch wieder fit und fliegt zu unseren Freunden zurück. Die anderen Celebi verschwinden unterdessen wieder in ihre jeweiligen Zeiten.
Nachdem nun alles überstanden ist, bietet Celebi Sam an wieder in seine Zeit zu reisen und ihn dahin zurückzubringen wo er hingehört. Natürlich lässt sich Sam dies nicht zweimal sagen und so verabschieden sich alle von Sam und Celebi. Vor allem Ash fällt die Trennung von seinem neuen Freund jedoch ziemlich schwer. Schließlich erlebten beide in den letzten Tagen viele tolle Abenteuer miteinander...
Am Abend sind Ash, Misty und Rocko dann auch wieder am Hafen einer Stadt und reden noch kurz mit Professor Eich bevor sie auf die nächste Fähre gehen. Dabei erzählen sie Professor Eich von ihren Abenteuern. Überraschenderweise weiß Professor Samuel Eich jedoch den Namen des Jungen, Sam, ohne dass er erwähnt worden ist. Dass dies merkwürdig ist, fällt unseren Freunden nach dem Gespräch auch auf, doch da ihre Fähre gerade jetzt losfährt, bleibt keine Zeit zum Nachdenken, sodass keiner weiter daran denkt. Professor Eich schaut sich zu Hause hingegen nach dem Telefongespräch sein Skizzenbuch mit den Skizzen aus seiner Jugend an, darunter ein stark verblasstes Bild mit einem Pikachu und einem Celebi, und sagt in Gedanken versunken zu sich selbst "Es kommt mir vor, als wäre es erst gestern gewesen...".
Zwei Sprecher aus der bekannten Serie wurden leider ausgetauscht. Caroline Combrinck wurde durch Veronika Neugebauer ersetzt, da jene nach Amerika ging; außerdem wurde Scarlet Cavadenti durch Claudia Lössl ersetzt.