Um die Verzerrung des Raumes zu stoppen, macht sich das Heldenteam auf die Suche nach Palkia. Von Lapras erfahren sie, dass sich Palkia in der sogenannten Raumspalte aufhält. Noch bevor das Heldenteam sich selber auf die Suche nach der Raumspalte machen konnte, taucht über Nacht plötzlich Palkia in der Tohaido-Klippe auf und entführt die beiden Pokémon in die Raumspalte.
Kaum dort angekommen, versucht Palkia sofort, sie zu vernichten. Doch stattdessen fallen sie nur in einen Abgrund und landen am Eingang zum Mysteriösen Dungeon. Dort kämpfen sie sich durch Unmengen an Pokémon und landen ganz am Ende in einer Sackgasse. Palkia nutzt diese Chance und stellt das Heldenteam zum entscheidenden Kampf. Nachdem es besiegt ist, quält es sich zunächst vor Wut, bevor es augenblicklich erstarrt. Eine Stimme erklärt ihnen, dass wie zuvor schon Azurill nun auch Palkia im Alptraum gefangen ist. Weiter bittet sie das Heldenteam, in Palkias Alptraum einzudringen und dort den Grund für dessen Wutausbruch zu erfahren.
Kurz darauf werden sie in den Traum teleportiert und treffen wieder auf Palkia. Als das Heldenteam Palkia erklärt, dass es in einem Alptraum steckt, wird es noch wütender und will die Pokémon angreifen. Wie dies vorher bereits Cresselia getan hat, gibt es den beiden die alleinige Schuld an der Verzerrung des Raumes. Cresselia taucht nun ebenfalls im Traum auf und versucht eigenhändig, das Heldenteam zu erledigen. Es versichert dem Team, dass dann die Verzerrung des Raumes endgültig beendet wird. Doch Palkia realisiert nun, dass die beiden nicht wirklich furchteinflösend aussehen - wie Cresselia einst Palkia in dessen Traum beschrieb. Daher hinterfragt es die Absichten und Ausführungen von Cresselia. Der Protagonist erkennt Palkias Misstrauen und zweifelt nunmehr ebenfalls an der Richtigkeit von Cresselias Aussagen. Kurz bevor Cresselia schlussendlich zum finalen Schlag gegen das Heldenteam ausholen kann, taucht ein weiteres Cresselia auf und entarnt das andere als eine Illusion von Darkrai. Es stellt Darkrai zur Rede und dieses gibt zu, dass es ganz alleine für die Verzerrung des Raumes verantwortlich sei. Dann lädt Darkrai das Trio zu einem finalen Kampf im Dunkelkrater ein und flieht. Schließlich kehren Cresselia und das Duo nach Schatzstadt zurück.
(*) Latios taucht nur im Tieferen Teil auf und nur dann, wenn man das Geheimteil oder die Geheimtafel dabei hat.
(**) Rekrutierung ist erst ab dem zweiten Besuch möglich.
(***) Darkrai taucht nur auf, wenn man die Darkrai-Mission absolviert hat und wenn man das Item Geheimteil oder Geheimtafel im Beutel hat.