Reptain wird in die Vergangenheit teleportiert, um die Lähmung des Planeten aufzuhalten. Er landet am Schemengehölz und sammelt das dortige Zahnrad der Zeit ein. Dadurch stoppt die Zeit innerhalb der Region der östlichen Wälder. Nachdem Reptain in der Zukunft gefangen wird, bringt Selfe das Zahnrad der Zeit wieder an seinen ursprünglichen Platz zurück.
Zurück aus der dunklen Zukunft beschließen Reptain und das Heldenteam, die Zahnräder der Zeit erneut einzusammeln, um sie zum Zeitturm zu bringen und dadurch die Lähmung des Planeten zu stoppen. Reptain schlägt vor, zuerst jenes im Schemengehölz zu holen, da es nicht bewacht wird und das Entwenden folglich kein Aufsehen erregt. Am Eingang des Dungeons verspürt Reptain das Gefühl, es liege etwas Seltsames in der Luft, verwirft den Gedanken aber wieder. Im Inneren des Schemengehölzes angekommen erwartet das Trio eine besorgniserregende Überraschung: Obwohl Selfe das Zahnrad der Zeit an seinen ursprünglichen Platz zurückgebracht hat, steht die Zeit dort noch immer still. Verwundert schnappt Reptain das Zahnrad der Zeit und das Trio kehrt zurück nach Schatzstadt.
Einige Zeit später findet man am Schemengehölz Darkrai vor, welches von Cresselia verfolgt wird. Es bemerkt, dass die Verzerrung des Raumes an diesem Ort sehr stark ausgeprägt ist.