Klone
Klone sind künstlich erschaffene Kopien von echten Pokémon. Sie sehen im wesentlichen aus wie ihre Originale, allerdings mit kleinen Unterschieden im Muster (Klon-Glurak hat Flecken, Klon-Bisaflor Streifen, das Schwarz in Klon-Pikachus Ohren endet unten gezackt...). Verändert man die DNA des alten Pokémon, entsteht ein ganz neues.
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Mewtu
Der erste Klon war Mewtu. Es wurde aus einer versteinerten Mew-Augenbraue von Dr. Fuji erschaffen. Allerdings beschloss das Team, die DNS zu verändern, um das Pokémon stärker zu machen. Mewtu, das die Wissenschaftler zuerst von der Insel vertrieb und die Klonmaschinen zerstörte, baute sie später wieder auf und verbesserte sie, um seine eigenen Klone herzustellen. Es stellt sich immer wieder die Frage, ob Klone und Originale am selben Ort leben können.
Mewtus Klone
Mewtu stellte sich Klone her, die stärker waren als ihre Originale. Es begann, wie echte Trainer es auch tun, mit Schiggy, Bisasam und Glumanda, indem er ihre vollentwickelten Formen duplizierte. Um mehr Klone zu bekommen, lud es Trainer auf seine Insel ein und fing deren Pokémon. So besaß es nun Kopien der Pokémon von Ash, Rocko, Misty, Neesha, Fergus und Corey. Als Mewtu sah, wie Ash sich für die Originale opferte, flohen es und die Klone zum Quena. Doch hier spürte Giovanni sie auf. Diesen konnte Mewtu besiegen und die Klone flohen ein weiteres Mal zu einem anderen, unbekannten Ort. Es werden manchmal Klon-Pokémon gesehen, wie sie weiter wandern, allerdings nur im Mondlicht (siehe Klon-Mauzi).
Klon-Mauzi
Das Klon-Mauzi ist einer der in der Geschichte wichtigsten Klone. Es ist der Klon von Team Rockets Mauzi. Es bemerkt, dass Kopien und Originale vieles gemeinsam haben, z. B. den selben Mond. Äußerlich sehen Original und Kopie identisch aus, der Doppelgänger kann aber weder sprechen, noch auf den Hinterbeinen laufen wie das ursprüngliche Mauzi.
Klon-Pikachu
Das Klon-Pikachu ist die Kopie von Ashs Pikachu. Es ist im Gegensatz zu diesem jedoch sehr aggressiv und will das echte Pikachu immer zum Kämpfen zwingen, in Pokémon - Der Film schlägt es es immer wieder und in Mewtu kehrt zurück bekämpft es das Pikachu sofort, als es es sieht. Das Klon-Pikachu unterscheidet sich äußerlich nur durch die Färbung der Ohren vom Echten.
