Klone sind künstlich erschaffene Kopien von echten Pokémon. Sie sehen im wesentlichen aus wie ihre originale, allerdings mit kleinen Unterschieden im Muster (Klon-Glurak hat Flecken, Klon-Bisaflor Streifen, das Schwarz in Klon-Pikachus Ohren endet unten gezackt...). Verändert man die DNA des alten Pokémon, entsteht ein ganz neues.
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Der erste Klon war Mewtu. Es wurde aus einer versteinerten Mew-Augenbraue von Dr. Fuji geklont. Allerdings beschloss das Team die DNS zu verändern um das Pokémon stärker zu machen. Mewtu, der die Wissenschaftler zuerst von der Insel vertrieb und die Klonmaschinen zerstörte, baute sie später wieder auf und verbesserte sie um seine eigenen Klone herzustellen. Es stellt sich immer wieder die Frage, ob Klone und Originale am selben Ort leben können.
Mewtu stellte sich Klone her, die stärker waren als ihre Originale. Er begann, wie echte Trainer es auch tun, mit Schiggy, Bisasam und Glumanda, indem er ihre voll entwickelten Formen klonte. Um mehr Klone zu bekommen, lud er Trainer auf seine Insel und fing ihre Pokémon ein. So hatte er Klone der Pokémon von Ash, Rocko, Misty, Neesha, Fergus und Corey. Als Mewtu sah, wie Ash sich für die Originale opferte, flohen es und die Klone zum Quena. Doch hier spürte Giovanni sie auf. Diesen konnte Mewtu besiegen und die Klone flohen ein weiteres Mal zu einem anderen Ort, wohin ist nicht bekannt. Es werden manchmal Klon-Pokémon gesehen, wie sie weiter wandern, allerdings nur im Mondlicht (siehe Klon-Mauzi).
Das Klon-Mauzi ist einer der in der Geschichte wichtigsten Klone. Es ist der Klon von Team Rockets Mauzi. Es bemerkt, dass Kopien und Originale vieles gemeinsam haben, z. B. den selben Mond. Äußerlich sieht das Klon-Mauzi genau wie das Original aus, es kann aber weder sprechen, noch auf den Hinterbeinen laufen wie das originale Mauzi.
Das Klon-Pikachu ist der Klon von Ashs Pikachu. Es ist sehr aggressiv und will das echte Pikachu immer zum Kämpfen zwingen, in Pokémon - Der Film schlägt es es immer wieder und in Mewtu kehrt zurück bekämpft es das Pikachu sofort, als es es sieht. Das Klon-Pikachu unterscheidet sich äußerlich nur durch die Färbung der Ohren vom Echten, siehe oben.
