Nachdem der Protagonist und die Partnerin auf Dedenne und Flunkifer getroffen sind, durchqueren sie mit ihnen die Abgrundtiefe Höhle auf der Suche nach dem Rest des Pokémon-Forscherteams sowie einem Ausweg aus der Welt des Nichts. Am Ende des Dungeon gelangen sie in einen Raum, in dem vorzeitliche Schriftzeichen eingemeißelt sind. Die Partnerin liest vor, dass die Dunkle Materie für die Versteinerungen der Pokémon verantwortlich ist. Sie entzieht Pokémon die Energie und wird dadurch stärker. Auch sollen sie sich vor den Schatten des Nichts hüten. Dedenne gelingt es nun, Kontakt zu den anderen aufzubauen und kurz darauf erscheinen auch Bamelin, Scoppel und Flapteryx bei ihnen, mit denen sie zusammen weiter reisen.