Am Ende des Dungeons erblickt die Gruppe um den Protagonisten den ausgedorrten Baum des Lebens, wird jedoch von Blanas, zwei Megalon und Yveltal aufgehalten, die noch stärker unter dem Einfluss der Dunklen Materie stehen als zuvor. Es kommt zu einem Kampf, bei dem die Schals des Protagonisten und seines Partners wieder aktiviert werden und sie sich so temporär entwickeln. Nach einem Sieg erhebt sich der Baum des Lebens in den Himmel, wo er von Deoxys, Rayquaza und einigen anderen Pokémon aufgehalten werden kann, sodass es Arceus gelingt, den Protagonisten und seinen Partner zu ihm hinauf zu teleportieren.