Gemmenwächter
Damit das Team Nachtschatten mit dem Schattenkristall nicht die Pokémon der Welt kontrolliert, muss man während des Spielverlaufes nach jeder Gemme suchen. Diese Gemmen werden von den Gemmenwächtern bewacht und beschützt. Es handelt sich um äußerst starke und schwer fangbare Pokémon. Da Team Nachtschatten mitbekommen hat, dass die Ranger versuchen ihren Plan zu vereiteln und sich auf die Suche nach den Gemmen machen, trifft man vor oder nach den Kampf mit einen Gemmenwächter immer auf einen des SinisTrio. Auf Weg zu den Gemmen trifft man auf Hindernisse.
Lucario
Als Moritz sich einem Dunkelstück näherte, das aus einem zerstörten KonGiga entnommen wurde, leuchtete der Anhänger, den er um den Hals trug, auf. Er erzählte, dass er diesen Anhänger von Frau Winter, die im Schlottertal lebt, bekommen hatte. Daraufhin begibt man sich nach Schlottertal, wo Frau Winter erzählt, dass sie die Träne des Prinzen im Schloss Almia gefunden habe. Im Schloss Almia trifft man auf viele Hindernisse, viele Nachtschatten Schergen und am Ende auf Glazio, den Anführer des SinisTrio. Wenn man ihn besiegt, muss man im Schloss zwei Riolu finden und sie zu der gläsernen Wand bringen. Daraufhin verschwindet die Wand und man kann zum Gemmenwächter Lucario.
Lucario bewacht die Blaugemme, die erst nach dem Einfangen von Lucario genommen werden kann. Lucario setzt oft Fokusstoß ein und schleudert mehrere blaue Kugeln. Dazu kommt noch, dass Lucario immer in bestimmten Abständen seine Aura stärkt, wodurch er stärker wird. Die verstärkte Aura hält aber nicht lange an.
Heatran
Nachdem die Blaugemme gefunden wurde und zur Ranger Basis gebracht wird, gehen Linda und Rhythmia zum Dunkelstück und ihre Anhänger leuchten, wie der von Moritz auf. Man wird nach Brodellande geschickt. Dort muss man in den rechten Teil des Vulkans. Um über die Lava zu kommen, muss man sich ein Qurtel fangen. Kurz bevor man beim Gemmenwächter ist und schon viele Hindernisse überwunden hat, trifft man auf Lavana, die ein Panferno auf einen hetzt. Nachdem man das Panferno eingefangen hat, kann man zum Gemmenwächter gehen. Der Gemmenwächter ist hier ein Heatran. Das besondere an diesem Endgegner ist, dass am Ende drei Lavaströme zu sehen sind. Man kann die Krater schon vorher im Boden sehen, die Lava strömt aber nicht aus allen gleichzeitig, sondern es bricht immer einer aus, je näher man dran ist Heatran zu fangen. Zusätzlich verwendet Heatran auch noch die Attacken Feuersturm und Eisenschädel. Durch das Fangen von Heatran ist es dem Spieler erlaubt, die Rotgemme zu nehmen.
Cresselia
Nachdem man die Blaugemme und die Rotgemme gefunden und zur Ranger Vereinigung gebracht hat, bekommt man einen Auftrag. Man soll im Hippoterus-Tempel nach Bodo Ausschau halten und mit ihm zusammen die Gelbgemme suchen. Mehrmals ruft Bodo während man zu ihm geht an, und immer verwechselt er seinen Namen, was sehr verdächtig vorkommt. Als man alle Hindernisse überwunden hat, kann man zu Cresselia gehen, dieses Pokémon ist am schwersten von allen drei Gemmenwächtern zu fangen, je näher man am vollständigen Fang ist, desto mehr lila Kugeln kreisen am Rand herum, was den Fang deutlich schwieriger macht. Aber noch nicht genug, zusätzlich setzt Cresselia auch noch Flammenwurf und eine weitere Attacke ein, bei der eine Kugel um Cresselia kreist. Nachdem man Cresselia gefangen und sie dem Protagonisten die Gelbgemme anvertraut hat, kommt Odo, der die ganze Zeit Bodo bei den Voicemailen nachgemacht hat. Man tauscht die Gelbgemme gegen Bodo. Die Gelbgemme erhält man später im Altru-Gebäude wieder.
Geschichte der Gemmenwächter
Man erfährt im Laufe des Spieles viele Andeutungen auf die Geschichte der Gemmenwächter. Im Auftrag 10 "Rede mit meiner Mutter" wird man von Stegner zu seiner Mutter geschickt, die im rechten Haus neben den Brunnen in Havebrück lebt. Von ihr hört man ein altes Märchen, in dem 3 Prinzen von ihren Vater verbannt wurden, den Jüngsten gekleidet in Blau nach Schloss Almia, den Prinzen gekleidet in Gelb in die Haruba-Wüste und den Ältesten gekleidet in Rot nach Brodellanden. Kurz vor Ende der Hauptstory erzählt Urs, die Geschichte zu Ende. Aus den Worten von Urs erfährt man, dass die drei Prinzen zusammengearbeitet haben um ihren Vater zu helfen. Die Metapher spielt auf die drei Wächter Heatran, Lucario und Cresselia an.
Entdeckung durch die Ranger
Während der Erforschung der KonGigas entdecken die Ranger, dass Anhänger, die Silver aus Bunten Steinen bastelte, die er bei Missionen am Eissee, den Brodellanden oder dem Hippoterus-Tempel fand, auf die Dunkelstücke in den Maschinen reagieren und ihren Effekt negieren. Später wird der Protagonist auf Missionen zu diesen Orten geschickt, wo er jedes Mal die Gemmen (welche riesige Exemplare der kleinen Steine sind) vor Team Nachtschatten beschützen und bergen muss. Erschwert wird das durch die Gemmenwächter (die bis auf Lucario alle legendäre Pokémon sind) welche erst gefangen werden müssen, damit man eine Gemme mitnehmen darf. Das Gemmenwächter-Trio besteht insgesamt aus Vorlage:Id, Vorlage:Id und Vorlage:Id. Kein Gemmenwächter im eigentlichen Sinne ist Vorlage:Id, das den Schattenkristall bewachte.
Nach dem Ending
Nach dem das Spiel durch gespielt wurde, kann man beliebend oft die Gemmenwächter in der Fang-Arena fangen.