Necrozma wird im Anime erstmalig in der Episode Chō-waru Oyaji wa Shima King!? erwähnt. Es taucht in einer alten Legende auf, welche LolaAsh erzählt. Sie berichtet von einem Mythos, nach dem Necrozma gemeinsam mit Solgaleo und Lunala einst das Licht in die dunkle Alola-Region gebracht hätten. Daraufhin hat es den Namen "Herrscher des Lichts" erhalten. Auch Team Rocket hört von der Legende und berichtet die Gerüchte an Giovanni. Dieser jedoch ist schon im Bilde und hat zuvor seinen alten Freund Yasu zu Necrozma ausgefragt.
Schließlich tritt das Pokémon erstmalig in Alola no Kiki! Kagayaki o Kurau Yami!! in Erscheinung. An einem fremdartigen Ort jenseits der Ultradimension bricht eine dunkle Kristallstruktur auf und legt das geheimnisvolle Pokémon frei. Es entdeckt ein am Himmel schwebendes Lunala. Derweil tragen sich in der diesseitigen Welt allerlei merkwürdige Ereignisse zu: Alle Erwachsenen können sich kaum noch bewegen vor Trägheit und es gelingt nicht mehr, Z-Attacken einzusetzen. Messungen der Æther Foundation ergeben, dass irgendwie Z-Kraft durch eine winzige Ultrapforte abgesaugt wird, die sich am Sonnenkreis-Podium befindet. Necrozma jagt derweilen seiner Beute, dem verängstigten Lunala, durch die Ultradimension hinterher.
Necrozma bricht aus einer Ultrapforte hervor
Schließlich tritt Wölkchen an seine Seite und verhilft ihm zur Flucht. In der Zwischenzeit erreichen Ash und seine Freunde das Podium auf ihren Ultra-Wächter-Reitpokémon. Samantha führt sie in eine unterirdische Kammer, auf welcher Necrozma gemeinsam mit Lunala und Solgaleo abgebildet ist. Sie bemerken, dass Ashs Venicro das Pokémon wiedererkennt. Da öffnet sich eine Ultrapforte und Lunala sowie Necrozma brechen daraus hervor.
In der nächsten Folge kommt es zu einem Kampf zwischen den beiden Pokémon, der mit aller Härte ausgefochten wird. Da tritt eine Spezialeinheit von Team Rocket unter der Leitung von Giovannis Sekretärin auf den Plan, welche sich vornimmt, Necrozma einzufangen. Dieses hat derweil Mele-Mele erreicht und wird von Kapu-Riki attackiert, jedoch gelingt es ihm dennoch, Lunala zu ergreifen und seine Morgenschwinge-Form anzunehmen. Ein Fangversuch Team Rockets scheitert und auch Ash und seine Freunde können nichts ausrichten, als Solgaleo auf dem Plan erscheint und mithilfe einer mächtigen Attacke die parasitäre Verbindung auflöst. Lunala stürzt leblos zu Boden. Necrozma gibt sich nicht geschlagen und so ergreift es schließlich Solgaleo, woraufhin es in der Abendmähne-Form durch eine Ultrapforte entkommt. Dies bringt allen Erwachsenen ihre Energie zurück.
