Der Einheitstunnel ist eine in Johto gelegene Höhle, die von Viola City nach Azalea City führt. Sie liegt zwischen den Routen 32 und 33. Durch zwei geheime Ausgänge kann man in die Alph-Ruinen gelangen. Man kann die Höhle erst vollständig erkunden, wenn man die VM Surfer und Stärke besitzt.
Außerdem besteht hier in Pokémon Gold, Silber und Kristall die einzige Möglichkeit, Lapras zu fangen. Dazu muss man freitags in die Höhle kommen, nachdem man Jens besiegt hat. Mit Surfer gelangt man dann zu Lapras, welches wöchentlich einmalig erscheint.
Der Einheitstunnel war im Pocket Monsters SPECIAL-Manga einst der einzige Weg von Viola City nach Azalea City, doch mit dem Bau von Straßen über die Berge wurde der Tunnel immer verlassener. Kristall betritt ihn in VS. Corasonn, um nach neuen Pokémon zu suchen und achtet dabei vor allem auch, ob sie schillernde Exemplare entdeckt. Doch sie tappt versehentlich in die Falle einiger Magneton von Major Bob und wird in dessen U-Boot verfrachtet. Bob hat sich in der Zwischenzeit versichert, dass die geheime Passage im Tunnel nicht blockiert ist und reist über eine Unterwasserstraße mit seinem U-Boot zurück zu seinem Schiff, der M.S. Aqua.