Nach der Vorstellung im Klassenzimmer der 1-A kann die Mensa betreten werden. Am Buffet befindet sich Pepper. Dieser bittet den Hauptcharakter, ihm seine Stärke zu leihen. Dieser ist auf der Suche nach den fünf Geheimgewürzen. Zu seinem Bedauern werden diese von Herrscher-Pokémon bewacht. Pepper zeigt diesem zwei Seiten in einem Buch. Das Buch und dessen Inhalt variiert zwischen Pokémon Karmesin und Purpur.
Damit wurde die Hauptmission Der Pfad der Legenden freigeschaltet. In welcher Reihenfolge die einzelnen Herrscher-Pokémon absolviert werden obliegt, dem Spieler. Für jedes Pokémon gibt es einen zugehörigen Orden und die Freischaltung einer Reittechnik für Koraidon in Pokémon Karmesin bzw. Miraidon in Pokémon Purpur. Beim Verlassen des Raumes klingelt das Smart-Rotom. Der Hauptcharakter erhält einen Anruf von Cassiopeia, die dessen Smart-Rotom gehackt hat. Die unbekannte Person möchte, dass der Hauptcharakter sich um Team Star kümmert. Der Name des Unterfangens betitelt diese als „Operation Stardust“. Anschließend wird das Gespräch beendet und Direktor Clavel betritt die Mensa. Er bittet den Hauptcharakter auf die Gesprächslautstärke zu achten, damit niemand mithört. Anschließend findet sich der Hauptcharakter in der Eingangshalle und wird, wenn der Hauptcharakter zuerst im Lehrerzimmer war, direkt zum Büro des Direktors gerufen, kann Kurse absolvieren, den Pfad der Legenden absolvieren oder Nemila im Lehrerzimmer aufsuchen, falls der Hauptcharakter zuerst in die Mensa gegangen ist.
Nebenhandlungen
Das Süße Gewürz
Zweites von Saguaro gewünschtes Gespräch: Nach der Teilnahme am Kurs Hauswirtschaft III steht Saguaro für ein Gespräch zur Verfügung, wodurch sich der Hauptcharakter mit ihm ein bisschen mehr anfreundet.
Drittes von Quendella gewünschtes Gespräch: Nach der Teilnahme am Kurs Mathematik IV steht Quendella für ein Gespräch zur Verfügung, wodurch der Hauptcharakter ihr Vertrauen gewinnt.
Nach dem ersten Großen Turnier findet sich Nemila für ein zweites Gespräch in der Mensa. Dort hat sie gerade einen anderen Akademieschüler zum Pokémon-Kampf herausgefordert und verabschiedet sich wieder. Anschließend wird ein Gespräch mit Nemila im Akademiekiosk verfügbar.