Die dritte Generation blieb von schweren Bugs verschont, bis auf das Klonen in Pokémon Smaragd und das nötige Beeren-Update in Pokémon Rubin und Saphir. Die anderen Editionen der dritten Generation, also Pokémon Feuerrot und Blattgrün, weisen keine schweren Fehler auf.
Nach einem Jahr funktionieren die zeitbasierenden Events in Pokémon Rubin und Saphir nicht mehr. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, sein Spiel zu patchen.
In den deutschen Versionen von Pokémon Rubin und Saphir lässt sich keine Myrtilbeere auffinden, auch nicht, indem man den Beerenspruch sagt.
In Pokémon Smaragd lassen sich im Duellturm ebenfalls Pokémon klonen (siehe Anleitung zum Klonen in Smaragd). Dieser Trick ist der sicherste Klontrick, Datenverlust ist hier so gut wie ausgeschlossen.
Diese Art des Klonens ist möglich, weil bei der Link-Anmeldung enorme Mengen Daten gespeichert werden müssen. Das zeigt sich in der relativ langen Unterbrechung zwischen "Möchtest du das Spiel speichern?" und "Bevor du einen Kampfraum betrittst,[...]". Dadurch wird der Speichervorgang abgebrochen, während er läuft.
Dieser Glitch existiert nur in der Smaragd-Edition. Die Granabeere hat den Nutzen, dass sie den KP-Wert eines Pokémon senkt. Daraus erfolgt folgender Glitch:
Die Erklärung hierfür ist das Binärsystem des GameBoy-Spiels. Da es keine negativen Zahlen gibt, wird einfach die größtmögliche Zahl eingesetzt, welche in diesem Fall 65535 ist. Im Binärsystem dargestellt ist 1 KP einfach 1, das ?35 (wobei ? für 655.. steht) ist dann 1111111111111110. Wird jetzt der Trank eingesetzt, geht die Anzeige zurück auf 0, weil es nicht höher geht.
Daraus folgende Glitches:
Wird das Pokémon danach mit einem Trank "besiegt", muss man ein Ei mitnehmen. Wird dieses an der 1. Stelle eingesetzt, wird es im Kampf ausgesendet. Die Erscheinungsform ist danach wie wenn es bereits ausgeschlüpft wäre, einfach mit anderen Farben.
Die Begründung liegt darin, dass man nur mit wenigstens einem kampffähigen Pokémon laufen kann. Das Spiel geht beim Laufen also davon aus, dass mindestens ein kampffähiges Pokémon dabei ist. Jetzt wird es aber im Kampf merken, dass es keines gibt und schickt einfach das Ei in den Kampf, da dieses zwar nicht besiegt werden kann, aber auch nicht kämpfen kann. So sieht man einfach das darin befindliche Pokémon (obwohl es am Anfang heisst "<Name des Spielers> schickt EI in den Kampf!").
Hinweis: Funktioniert in der Diamant, Perl und Platin-Edition nicht, da nur der maximale KP-Wert gesenkt wird, nicht aber der momentane.
Dieser Glitch kann ausgelöst werden, indem ein wildes Ditto sich in ein Pokémon verwandelt, welches Taucher beherrscht. Man kann nun einen Ball werfen, auch während es sich noch unter Wasser befindet.
Wenn man sich östlich von Malvenfroh City auf die unterste Blume stellt und wartet bis die Aromalady einen anschaut, dann will sie mit dem Spieler kämpfen und geht über eine Stufe. Das funktioniert nur in Pokémon Rubin und Saphir.
Wenn man in Pokémon Rubin und Saphir in dem Laster am Spielanfang speichert, resettet und raus springt, erscheint der Name „Wurzelheim“, dies wäre sonst nicht geschehen.
In der Arena von Faustauhaven verhält sich die Wand hinter der rechten Statue genau so wie diese. Sie zeigt auch Trainer an, die in der Arena gewonnen haben. In Pokémon Smaragd wurde das behoben.
Wenn man ein Pokémon mit der Fähigkeit Expidermis so lange einschlafen lässt, bis es zwei Runden lang schläft und dann Nachtmahr einsetzt, wird das Pokémon, wenn es durch seine Fähigkeit aufwacht, immernoch von Nachtmahr getroffen. Dieser Bug existiert nur in Pokémon Rubin und Saphir.
Wenn ein Mauzi in Pokémon Rubin oder Pokémon Saphir das Item Münzamulett trägt und im Kampf Zahltag einsetzt, wird am Ende des Kampfes eine bestimmte Menge an Geld angezeigt, das man aufhebt. Allerdings wird das Münzamulett nicht berücksichtigt, man hat aber nach dem Kampf doppelt so viel wie angezeigt.
Wenn man gegen den Rocket Rüpel an der Nugget Brücke verliert, hat man die Chance wieder gegen ihn zu kämpfen. Jedes mal, wenn man kämpft, wird er dem Spieler ein Nugget geben, so kann man absichtlich verlieren um Nuggets zu erhalten.
Dieser Bug funktioniert in der 1. Generation nicht, da man nur eine Chance hat gegen ihn zu kämpfen.
Wenn der Spieler in Pokémon Feuerrot oder Pokémon Blattgrün die Pokéflöte erklingen lässt und dann das Hilfe-Menü öffnet, wird die Melodie so lange Spielen, bis man Relaxo aufwachen lässt.
Wenn ein Wanderpokémon in Pokémon Feuerrot und Blattgrün im Kampf Brüller einsetzt, wird es danach vom Spiel verschwinden.
Ein Wanderpokémon kann immer, wenn es erscheint, höchstens 7 EVs auf einen Wert haben. Das passiert dadurch, dass nur die letzten acht Ziffern des Bit-Codes übertragen werden. Dieser Bug ist in allen Edition der 3. Generation enthalten, außer Pokémon Smaragd
In Pokémon Smaragd im Wunderturm auf der zweiten Etage kann man nicht hinter die untere Leiter gehen, obwohl dort kein Stein ist.
Wenn man bei einem "Unterwassereingang" rechtzeitig "B" drückt, wird man auf dem Eingang stehen bleiben und gefragt, ob man auftauchen will. Wenn man nach dem Auftauchen allerdings in einem Felsen steht und zurück auf das Wasser geht, kann man auf dem Wasser laufen und muss nicht surfen. Wilde Pokémon können immernoch erscheinen und Trainer einen auch angreifen. Das funktioniert in allen Editionen, die in Hoenn spielen.
Wenn man den obigen Schritt wiederholt und bei der Frage ob man auftauchen will "Nein" drückt, kann man auf dem Eingang speichern. Einen besonderen Nutzen hat das nicht, außer, dass man nach dem Speichern noch einen Schritt nach oben gehen kann. Auch das geht in Pokémon Rubin und Saphir und Pokémon Smaragd.
Wenn man in Pokémon Rubin, Pokémon Saphir oder Pokémon Smaragd einen guten Eingang gefunden hat, kann es passieren, dass man außerhalb der Felsen zu Vorschein kommt. Nun kann man dort surfen, wie man will, nur eine unsichtbare Wand hindert einen daran, die Grenzen des Spieles zu verlassen.
Dieser Bug funktioniert in allen Editionen der 3. Generation im Doppelkampf. Das erste Pokémon muss Power-Punch können. Im Kampf wählt man diese Attacke auch aus. Wenn man auswählen soll, was das zweite macht, geht man zurück und wechselt das 1. Pokémon. Dann muss man auswählen, was das zweite machen soll. In der Runde wird das erste Pokémon seinen Fokus aufladen und dann ausgetauscht. Einen besonderen Nutzen hat dieser Bug allerdings nicht.
Dieser Bug funktioniert nur in den Spielen Feuerrot und Blattgrün. Man muss auf der MS Anne bei einem Kampf Donnerblitz einsetzen und wenn man Pech hat, hört man nach dem Kampf noch den Sound vom Donnerblitz. Wenn man das Spiel ausschaltet und wieder anschaltet, ist alles wieder in Ordnung.
Auch dieser Bug funktioniert in allen Spielen der 3. Generation. Er tritt auf, wenn ein Pokémon, das ein Item trägt und die Fähigkeit Wertehalter hat, durch Raub oder Bezirzer mit einem Schlag besiegt wird. Das Pokémon wird zwar K.O. gehen, bleibt aber als "Geistform" im Kampf. Im Kampf wird es jedes mal, wenn ein neues Pokémon eingesetzt wird, die Farbe wechseln. Wenn man die Team- oder Item-Liste öffnet, wird der "Geist" verschwinden.
Wenn man sich in Flossbrunn befindet und nach links surft, gelangt man in die Meeresstörmung. Surft der Spieler nun immer am unteren Rand, erreicht er schließlich eine Insel, die sowohl in Route 133, als auch in Route 134 liegt. Läuft man in der unteren rechten Ecke auf das Wasser zu, kann man kurzzeitig darauf laufen, jedoch wird man von der Strömung zurückgestoßen. Dies wird von falsch gesetzten "Gehdaten" hervorgerufen, die während der Entwicklung des Spieles eingesetzt werden.
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