Team Rockets Hauptquartier liegt in der Nähe von Alabastia, Vertania City und Marmoria bzw. Azuria City in den Wäldern versteckt. Es wurde zwar einmal durch Mewtu zerstört aber wieder neu errichtet. Es beeinhaltet Trainings-, Unterrichts- und Ausbildungsräume, ein außengelegenen Trainingsbereich, Lagerräume für Transportmittel und Waffen, Forschungsräume, Räume zur Lagerung von Pokémon, Büroräume für die leitenden Mitarbeiter (insbesondere Giovanni). Beim neuen Hauptquartier kommen noch außengelegene Schutzeinrichtungen hinzu, beispielsweise Schranken und Mitarbeiterwachstellen. Das alte Hauptquartier sieht man in der Episode Ewige Rivalen, das neue in der Episode nach der Hoenn-Liga, Nr. 407.
