In der Beta-Version von Pokémon Rubin und Saphir sind spezielle Sprites, aber auch andere Grafiken, enthalten, die in der finalen Version entfernt wurden.
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Womöglich als Testmusik existieren in den Spieledateien zu Rubin und Saphir einige Stücke der 2. Generation, die auf dem Standard der 3. Generation remasterd wurden.
Es existieren frühere Artworks von Flemmli und Geckarbor. Außerdem gibt es einen Artwork, auf dem eine Trainerin abgebildet ist, die auf einem Pokémon reitet/fliegt, das eine Mixtur aus Lohgock und Latias/Latios darstellt. Es könnte gut möglich sein, dass es anfangs geplant war dieses Pokémon zu veröffentlichen, jedoch hatte man sich anders entschieden und das Pokémon in drei Wesen aufgeteilt.
Es ist gut möglich, dass nicht alle Pokémon von Grund auf Fähigkeiten besaßen. Das Bild stammt von einer Demo von Pokémon Rubin, wo der Spieler ein Tohaido im Team hatte, welches keine Fähigkeit besaß (normalerweise haben Tohaido die Fähigkeit Rauhaut).
Die Fähigkeit Energieaufladung ist im Spiel einprogrammiert, ist aber keinem Pokémon zugeordnet. Sie hat die selbe Wirkung wie Lärmschutz.
Das Video zeigt ein Gameplay einer Demo von Pokémon Rubin, was auf der Pokémon Festa 2002 anspielbar war. Schauplatz der Demo war die damals noch gänzlich anders aussehende Route 104. Der Blumenladen war in der Demo noch geschlossen. Bei Beginn eines Kampfes wurde die Anzahl der Pokémon der jeweiligen Trainer noch nicht angezeigt. Die Animationen einiger Attacken (in diesem Beispiel Finte und Surfer) waren noch anders gestaltet. Nicht nur, dass das Tohaido im Spiel keine Fähigkeit hatte, es besaß auch noch einen niedrigen Level, was eventuell darauf schließen lässt, dass Kanivanha zu diesem Zeitpunkt noch nicht existierte.
Bei einem Interview mit der Nintendo Power wurde bekanntgegeben, dass Schalellos und Gastrodon ursprünglich für die 3. Generation geplant waren. In den Spieledateien der Diamant- und Perl-Editionen existieren die Backsprites von den beiden Pokémon in leicht abgeänderter Form. Schalellos' Farbe und sein Körper sind rosa wie seine Ostsee-Form. Der Kopf stammt aber von der Westsee-Form. Gastrodons Farbe ist braun und hat mehr Felsanteile auf dem Rücken. Diese abgeänderten Sprites sind wohl diejenigen, die für die 3. Generation geplant waren. Auch der Pokédexeintrag von Schalellos in der Diamant-Edition gibt einen Hinweis.
Ein nicht benutzter Text in den Spieledaten gibt einen Hinweis auf ein Feature in der Pension. Falls man ein Pokémon mit einem Pokémon eines anderen Trainers (z.B. ein Getauschtes) zur Pension bringt, konnte eines der Beiden einen Brief tragen. Der Inhalt des Briefes ist jedoch unbekannt. Hier ist der Text der englischen Version:
Diese unbenutzten Texte existieren auch in den Spieledaten:
"Pokémon AGB" steht für "Pokémon Advanced Game Boy". Dieser Name könnte der Entwicklungsname der beiden Spiele sein, bevor man sich dazu entschlossen hatte, "Pocket Monsters Ruby" und "Pocket Monsters Sapphire" als Hauptnamen zu wählen.
Junichi Masuda hat während der Entwicklung von Rubin und Saphir ein Statement gesetzt, dem zufolge Game Freak überlegt hat, die Limitierung der Teamparty und die Anzahl an Attacken, die ein Pokémon lernen kann, zu ändern. Diese Idee wurde schnell wieder verworfen.