Während der Entwicklung von Pokémon HeartGold und SoulSilver sollten einige Sachen, die unten aufgeführt sind, im finalen Spiel enthalten sein. Die meisten von ihnen wurden verändert oder komplett aus dem Spiel geworfen. Einige Komponente der Beta-Fassung sind aber noch im finalen Spiel enthalten.
Die japanische Spielezeitschrift CoroCoro hat vor dem Release der beiden Spiele einige Vorabscreenshots veröffentlicht, auf denen auch einige frühe Sprites verschiedener Personen und Pokémon abgebildet waren. Es waren die Betasprites von Pikachu, Pichu (als andersfarbiges Pichu) und Endivie. Es gab auch einen Beta-Backsprite von Klarin, bei dem er leicht veränderte Haare hatte und seine Kappe ein Symbol auf der Vorderseite besaß. Auch der Rivale sah anders aus.
Bei einem Screenshot im Flegmon-Brunnen sah man an der Stelle, wo Lance in der finalen Version steht, noch einen Rüpel. Die Kreise im Trysteriumsaltar, wo das Arceus-Event stattfindet, waren identisch. In der finalen Version haben die verschiedenen Kreise die Farben gemäß des legendären Pokémon, das Arceus erschaffen wird, wenn der Spieler sich auf einen stellt.
Der Sprite von Feurigel und Endivie (siehe Sprites) sieht im Intro anders aus als im Spiel. Das war wahrscheinlich der Beta-Sprite, bei dem die Entwickler vergessen hatten, ihn im Intro noch zu ändern.
Alle Items aus Diamant, Perl und Platin, sind im Code der beiden Spiele enthalten, sind aber größtenteils nicht zu bekommen. Folgende zwei Items sind zwar neu hinzugekommen, können aber in der finalen Fassung ebenso nicht erhalten werden:
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