Die Bonus Disc von Pokémon Colosseum war nur im Zusammenhang mit einer Vorbestellung von Pokémon Colosseum erhältlich und zusätzlich dazu auch nur in den Vereinigten Staaten von Amerika und Japan.
Die CD enthält eine Demo des Spiels sowie eine Vorschau auf den sechsten Kinofilm, Jirachi: Wishmaker, außerdem konnte man ein seltenes, legendäres Pokémon durch diese Disc enthalten: in den USA ist das 
Jirachi, in Japan 
Celebi.
Dies war eine der wenigen Möglichkeiten, diese beiden Pokémon, ohne von Cheats Gebrauch zu machen, auf Pokémon Rubin und Saphir zu erhalten. Außerdem wurde durch Transfer einer der beiden Pokémon auf die GBA-Edition das Beeren-Update durchgeführt.
| Jirachi
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| Allgemein
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Trainer-Daten
Attacken
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| Celebi
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Allgemein
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Trainer-Daten
Attacken
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| Ein Celebi kann auf ein GBA Spiel übertragen werden, sofern alle 48 Crypto-Pokémon in Pokémon Colosseum geheilt wurden. | ||||||||||||||||||||||||||
Zusätzlich ist es möglich, sich Zugang zu unendlich vielen Jirachi zu verschaffen, da diese Bonus-CD es vorsieht, ein Jirachi an eine spezifische Edition zu senden. Besitzt der Spieler jedoch mehrere Editionen, kann er diese ebenfalls mit dem Gamecube verbinden und so mehrere Jirachi bekommen, welche ebenfalls auf ein und die selbe Edition transferiert werden können. Dies ist auch mit Celebi möglich.
Eine Amerikanische Bonus-Disc funktioniert nicht mit einem europäischen Spiel.
