Nachdem Giovanni im Pokémon Special Manga Team Rocket aufgelöst hatte, entstand im Gold, Silver, Crystal Kapitel ein neues Team Rocket unter der Führung des Mannes mit der Maske. Sie tauchten das erste Mal auf, als Joey, ein Assistent von Professor Lind, einen Rucksack mit Pokebällen zu diesem brigen sollte, und stattdessen ausversehen Golds Rucksack nahm. Team Rocket versuchte diesen dann zu stehlen, und bemerkten später den Irrtum.
Das nächste mal erschienen sie in den Alph-Ruinen auf der Suche nach Icognito, wo sie Gold und Kai über dem Weg liefen. Nach einem Angriff der Icognito setzte Team Rocket Gold und Kai, durch ihre Webarak in einen Raum fest. Gold ließ sein Tornupto Rauchwolke benutzen, damit sich einige der Icognito in Webaraks Netzt verwickeln sollten, und danach ihren Zorn an Team Rocket auslassen sollten. Am Ende erschein ihr Anführer im Schatten, und murmelte was von deren Inkompetenz.
Später versuchten sie im Flegmon-Brunnen den Flegmon ihre Route abzutrennen. Silver besiegte alle im Alleingang.
Als nächstes erschienen sie in Teak City, wobei sich herausstellte, dass ein Erdbeben welches die Stadt traf, von ihrem Keifel verursacht wurde. In einem Kampf gegen Gold und Silver wurden die dann besiegt und zogen sich zurück, da sie Informationen zu Ho-Oh erhielten.
Der Anführer, der Mann mit der Maske wurde dann enthüllt bei einem Versuch Suicune zu fangen, welcher durch ein eingreifen von Crystal und Eusin verhindert wurde.
In ihrer neuen Basis in Mahagonia City wurden die dann von Major Bob entdeckt. Der Mann mit der Maske besiegte ihn, allerdings konnte er entkommen. Der Mann mit der Maske war sich allerdings auch sicher dass Major Bob sie nicht an die Polizei verraten würde, da dieser ja selbst mal ein Mitglied von Team Rocket war.
Beim Arenaleitertunier auf dem Indigo Plateau, traten sie dann das letzte Mal in Erscheinung. Der Mann mit der Maske kontrollierte Ho-Oh und Lugia und den GS-Ball von Kurt zu vervöllständigen. Als dies geschafft ist, fängt der Mann mit der Maske Celebi, und reist in die Vergangenheit, während die Arenaleiter im Magnetzug gegen Team Rocket kämpfen.
| Verbrecherteams in der Pokémonwelt | |
|---|---|
| Kanto/Johto: | Team Rocket | New Team Rocket (Manga) |
| Hoenn: | Team Magma | Team Aqua |
| Sinnoh: | Team Galaktik |
| Einall: | Team Plasma |
| Orre: | Team Krall | Team Crypto |
| Fiore: | Power-Rock-Bande |
| Almia: | Team Nachtschatten |
| Oblivia: | Pokénapper |