Die drei Gemmen kommen in R2 vor. Sie können zusammen die Kraft des Schattenkristalls annullieren. Jede Gemme wird von einem Gemmenwächter bewacht.
Die Blaugemme befindet sich im Schloss Almia. Sie hat die Form eines Tropfen und wird von 
Lucario bewacht.
Die Rotgemme ist im Brodelvulkan. Sie hat die Form einer Flamme und wird von 
Heatran bewacht.
Die Gelbgemme findet man im Hippoterus-Tempel. Sie hat die Form eines Mondes und wird von 
Cresselia bewacht.
